رغم الحظر أو التراجع السياسي للإخوان المسلمين في عدد من الدول العربية، يشهد التنظيم إعادة ترتيب لنفوذه في السودان من خلال تحالفات غير رسمية مع قيادات عسكرية وأمنية. لم يعد الحضور عبر حزب سياسي، بل عبر شبكة من الكتائب المسلحة ومراكز النفوذ داخل الجيش وجهاز المخابرات. هذه الشبكة تضم شخصيات مثل ياسر العطا وميرغني إدريس وأحمد مفضل، إلى جانب عناصر من النظام السابق مثل علي عثمان محمد طه وأحمد هارون. تمكّن هذه التحالفات من تغيير ديناميكيات الحرب، حيث يُمنح التنظيم الغطاء والتسليح، بينما يُقدّم الكتائب وشبكات التعبئة. وزارة الخزانة الأميركية فرضت عقوبات على بعض هذه الشخصيات، ووضعت كتيبة البراء بن مالك على قائمة الإرهاب. هذا التداخل بين المؤسسة العسكرية والحركة الإسلامية يُطيل أمد الحرب ويعقّد أي تسوية سياسية.