יונתן אלון סיים רשמית את דרכו כמאמן הפועל ירושלים, לאחר שהודיע כי המשחק האחרון שלו היה בהפסד הקבוצה להפועל תל אביב בחצי גמר הפלייאוף. אלון אימן את הקבוצה בשלוש העונות האחרונות, והוביל אותה לזכייה בגביע המדינה בעונת 2023/24, לגמר גביע המדינה בעונה שלאחר מכן ולסדרת גמר הפלייאוף. במהלך עשר שנותיו במועדון, כולל תקופות כעוזר מאמן וכמאמן ראשי, נחשב לחלק משמעותי מהזהות הספורטיבית של הקבוצה. המועדון בירך אותו בהצלחה בהמשך הדרך וקרא לו חלק ממשפחת הפועל.